自出任北京市副市长之后，吴晗搬到市政府高大威严的楼宇和宽敞明亮的办公室办公，一直被吴晗架空、名义上的清华校委会主任叶企孙，这时才算正式成为清华园的一把手。不过，明眼人心中明白，尽管叶企孙暂时坐上了清华园“忠义堂”中的第一把交椅，但这把椅子并不稳当安定，而是在吱吱咯咯地发着闷响。据与叶共事几十年的一位清华老教授说：就叶的性格和思想而言，属于敦厚学者型人物，性温口讷，“似不能言者”，且有牢固的自由思想和独立精神，并不适于迹身“仕”位。虽曾几次代理校务，但那只是他很少有人与之匹敌的声名与学术地位使然，而且多属维持和留守性质，真正长期搞行政工作，既不是他的特长，也不是他的愿望。至于政治，更是他一向唯恐避之不及的。当年在重庆任中央研究院总干事时，身为国民党中央组织部长的朱家骅不止一次拉他入国民党，都为其所拒，一直作为无党派人士立足学界。不仅如此，他独善其身，终身不娶，视学生为儿女，度过了悲欣交集的一生。——这个说法基本符合事实与情理，也有一点较为模糊，比如叶的婚姻问题。据《吴宓日记》透露的信息，叶在清华时似乎谈过恋爱，如1937年7月2日条下有：“K之美日增。二年中，变化增长，几于每见不同。然宓对K，譬如鲜花美物古玩珍品，可以把玩鉴赏，而精神则无深契，情感亦不易交流。此宓之所感也。K是晨收拾诸物，将归香山。……又谓已决定今晚住宿陈慈家。陈慈且将伴送伊至漪澜堂云。旋闲谈，谈及叶企孙爱贺恩慈；宓谓未尝不可，而K则力言绝对不可。夫以此二人犹绝对不可，则宓对K不能有丝毫之希望可知。K以此示意，使宓对K之情冷如冰矣。”
贺恩慈乃广东番禺人，清华大学外语系1936年毕业，在北平图书馆工作。而K是当时吴宓热恋的一位清华女生，此时吴宓已从对方的态度中得知两对姻缘将无果而终，事实上也是鸡飞蛋打，梦想成空。另据清华大学物理系教授昊虞说，叶企孙之所以不娶，是由于暗恋着一直孀居的寡嫂之故。这个说法后来遭到了叶的侄子叶铭汉的否定，谓叶与其嫂没有感情纠葛云云。但无论有无情缘，叶终身未娶却是事实。
既然政治不是叶企孙这位“不谙新事理、新逻辑”的人所能玩得了的，被人稀里糊涂地扶上墙后，不知道看风视水、左右施展钩钳与转圜之术，悲剧性的命运也就不可避免。早在1949年1月19日，中共北平军管会文化接管委员会代表钱俊瑞、张宗麟，在零星的枪炮声中率部赴清华园正式接管时，站在院门外静静观看的叶企孙不禁浮想联翩，曾对他的一位知近友生说：“国民党在1927年，也有一些如张道藩那样的人，和今天的钱俊瑞这些人一样，朝气蓬勃，也像年轻有为的样子，但后来变坏了。”
张道藩就是那位青年时代在法国学绘画，狂追蔡威廉未成功，后以国民党中央宣传部长的身份和地位暗中报复。再后来以有妇之夫的身份，怀抱徐悲鸿原夫人蒋碧微跑到台湾的那位官僚。叶企孙如此作比，可见他对眼前接收大员们是一种怎样的心理和印象。也就在这一年，清华一些学生被迫作自我检查，以消除家庭对自己的影响。叶企孙颇为不满，说道：“共产党的自我检查，很有点像基督教、天主教的忏悔，如果让清华的教授也这样做，可能有好些人会自杀。”叶的言论，不幸在几年后竟成谶语。
1950年，朝鲜战争爆发后，叶企孙认为这是“美国的一种战略考虑，是针对苏联极权主义阴谋的”战争，并且断言“战争永不会消除，帝国主义消灭后，共产党内部又要打了，南斯拉夫就是一例”。又说：“共产党的报纸太刻薄，如‘美国娼妓’等这些用词是不应该写的。”与此同时，他针对冯友兰发表的《美国法西斯化》一文，批评冯是政治投机分子，并指责冯“写得太过分了”。随着1951年秋展开的“思想改造运动”以及对胡适思想批判运动，作为清华大学名义上最高领导人的叶企孙，其表现令当局“大为失望”。他不但不按当局的意图改造自己的思想和大骂胡适、傅斯年等“反动文人”，还不知趣地在师生中间倡导“高校教学与科研要自由、民主”等与时兴的“阶级斗争”、“集体主义”等政治口号相对立的思想。当中国科学院院长、副院长名单发表后，叶企孙对他的一位同事说：“陈伯达当副院长，表明共产党对科学院的工作是要管的。”在他的思想意识里，学术是独立的，不应掺杂党派成分。与此同时，叶还不知轻重地提倡“凡事都要独立思考”一番，并谓对学术如此，对政治问题也是如此等等。
叶企孙的言论和表现终于激怒了当局，中共高层下令发动清华师生对其展开“狂风暴雨式的批评”。
叶一看势头不对，略有省悟，被迫在大会上作“深刻检讨”。在“精神洗澡”中获得顿悟的一批清华“进步”师生，以“深厚的无产阶级感情”，纷纷指责叶是“以资产阶级观点办清华，是继承梅贻琦的腐朽传统和遗毒”。在一片喊打声中，叶企孙被赶下台来。
就在批叶的同时，由于中共主张学习苏联的教育模式，教育部开始对全国高校进行大调整。1952年6月27日，京津高等学校院系调整清华大学筹备委员会成立，刘仙洲任主任委员，钱伟长、陈士骅任副主任委员。原出身机械科的工学院教授刘仙洲荣登大位后，第一件事就是勒令叶企孙“应向教育部自请处分”。
已经倒台的叶企孙在三番五次检讨之后，最后由“组织”出面作了结论性的调子：“他现在已在清华失去了威信。故拟不再采取群众大会方式对之进行批评，打算找一些人帮助他一下，如没有什么变化，就拖着尾巴过关，以后再耐心地在长期中给以教育……”这个结论，实际上是一个不动声色、暗含杀机的隐语。自此之后，叶企孙踏上了一条危急四伏、命悬一线的孤独之旅。
1952年10月，院校调整基本完成。根据教育部指令，天津南开大学由私立改为国立，属教育部直属院校。由美帝国主义庚款起家的清华大学，自然属于重点调整与“清算”的对象，为减少美帝在清华留下的印痕和毒素，清华大学被五马分尸，从整体上被肢解和“清算”，其文学院、法学院、理学院三个学院被割掉，并入北大，清华得到的只是北大一个小小的工学院。清华只能作为一个工科大学，于风雨飘摇中单腿独立，啸傲寒秋，孤独地存活下来。而作为“五四运动”策源地和“革命摇篮”的北大，则成为最大的受益者，不仅兼并了清华的三个学院，还兼并了赫赫有名的燕京大学的校产与全部教职员工与学生。自此，北京大学陆续撤出城中心以沙滩红楼为主要根据地的一、二、三院，尽数迁到城郊海淀镇原燕京大学校园开课，与清华大学成为间隔一条马路的近邻。据说20世纪80年代末，一位国际知名的华裔学者，因慕蔡元培、傅斯年等前辈的大名，曾专门前往坐落在海淀镇的北京大学凭吊“五四摇篮”，一时传为笑谈（南按：从这则笑话可看出，为何原燕京大学与原北京大学闹校产纠纷，官司一直打到21世纪都未见分晓的个中原因）。当然，北大也有损失的地方，比如上层决策者假以调整的名义，把过去属于胡适派的教授借机调出北京大学，有的调往别的机关，有的干脆发配或充边，如罗常培调中国科学院语言研究所，郑天挺到天津南开大学，杨振声到东北人民大学等，在最大范围内消除胡适的影响。
按照当时教育部调整方针，清华把三个学院交出的同时，必须把馆藏的全部文、法图书一同交于北大。清华同仁认为自己并无大错，只因与美国的关系较其他国立学校走得更近，在这场调整中受伤最大，可谓赔了夫人又折兵，一个繁盛的清华大学顿时坍塌衰落，成为半截破庙，而庙里的和尚也几无藏身念经作法之地，遂开始把满腔怨气与激愤之言撒到教育部，特别是清华主事者刘仙洲身上。一时间，刘顿成过街老鼠，人人喊打，整日灰头土脸，工作大受影响。在这种情形下，12月4日，经中央人民政府委员会批准，任命38岁的原清华学生、中共地下党员蒋南翔为清华大学校长，刘仙洲为副校长。年轻气盛的蒋南翔一上任，就以凌厉的作风和初生牛犊不怕虎的威势，立即下令截留了正准备向北大搬运的馆藏文、法图书。正是这批宝贵书籍未能流走，为30多年后清华顺利恢复文科埋下一条暗道。稍后，蒋南翔以深远的眼光和宏大的气魄再显神通，于清华园基础上奋力向南、向东两个方向极度拓展，并以惊人的处事能力把东部的铁路推出新规划的校园之外。由此，清华园占地面积巨增，成为中国大陆无一可与之匹敌的面积最大的园林式校园。这一决策与成果，为40年后清华的全面复兴埋下了伏笔。
随着院系调整结束，整个清华园被高鼻深目、周身呈酒囊饭袋状的苏联专家，以及一色中山装的革命家所领导，维系了几十年的校务委员会与“教授治校”等一切规矩被抛弃，清华师生开始了马列主义路线治校的新时代。
当这个新时代到来之际，叶企孙已被调入北大物理系作为一名普通教授开始登台讲授《光学》等基础课程。此时，已没有多少人把他放在眼里，更忘却了这位华发渐白的老人乃是中国物理学界的一代宗师。直到许多年后，人们才忽然忆起，墓木已拱的叶企孙原来是中国“两弹一星”的元勋和老祖，才晓得新中国建政五十周年之际，在23位获得“两弹一星功勋奖章”的科学家中，有9位是他的学生，2位是他学生的学生，还有另外2位院士级（学部委员）的事业与他有着密切的关系。
叶企孙在一系列政治思想“改造”与“洗澡”中，虽有无数次被迫弯腰低头向革命群众检讨认罪的羞辱，总算突出重围，侥幸活了下来并开始了他心爱的事业。随着“文革”爆发以及铁道部部长吕正操遭到关押，中央军委成立专案组审查吕的问题，一个不为世人所知的“神秘人物”被牵涉进来，又由于这个“神秘人物”的株连，潜祸爆发，叶企孙的厄运从天而降。
这个神秘人物，便是叶企孙的学生熊大缜。
熊大缜于1913年生于上海新闸路，1931年由北师大附中考入清华大学，次年入物理系开始听叶企孙的课程。熊的英俊、聪明与善解人意，很快受到叶的注意，因熊与叶同操沪语，相互间又增添了几分亲密感。从1933年到1936年的四年间，每年暑假，叶都带熊到外地“游历山水”。1935年夏，熊从清华物理系毕业，其毕业论文是叶指导的《红外光照相术》。在叶的推荐下，熊于同年秋留校任助教，并作为叶的助手住进尚是独身的叶企孙家中，师生情谊甚笃。
1937年卢沟桥事变爆发，平津沦陷，叶企孙于8月中旬随清华大学师生秘密赴天津准备转道南下。就在等船的时候，叶得了副伤寒症，不得不住进天津医院治疗。在治疗期间，他得到了梅贻琦从南京拍来的密电，令他在天津留守，组织部分人员负责接待经天津转赴南方的清华大学教职员工，叶服从了这一决定，并于10月初出院后移住在天津成立的清华同学会办公处，一边疗养，一边主持接待事宜。熊大缜作为叶的助手随侍左右，并出面处理食宿接待、买船票、送站等烦琐事务。旧历年过后，清华教职工大部分已经南下，叶的留守已无必要，遂准备南行。正
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