1943年秋，在中央研究院总干事任上的叶企孙，因傅斯年的霸道而不堪忍受有职无权的羞辱，毅然辞职离开重庆回到昆明西南联大，继续担任清华大学“特种研究事业”委员会主任。1945年8月，因西南联大理学院院长吴有训调任重庆中央大学校长，叶继任联大理学院长。抗战胜利后，西南联大常委梅贻琦、傅斯年，频繁往来于重庆、南京、北平之间办理学校复员事宜，叶企孙被国民政府教育部指定代理清华大学校长、联大常委并主持联大校务，成为事实上的西南联大第一把手。期间，国民政府为实施“种子计划”，在吴大猷推荐下，叶企孙力挺年少聪敏的物理学天才李政道公费出国学习并取得留美成功。许多年后，李政道颇为感激地说道：“叶师不仅是我的启蒙老师，而且是影响我一生科学成就的恩师。”
1946年秋，清华大学复员回到北平并于清华园复课，叶企孙担任校务委员兼理学院院长，是除梅贻琦之外清华第二号实力派人物。1948年年底，梅贻琦仓皇南飞，清华大学很快被中共接管。据叶企孙“文革”期间“交代材料”披露：“清华复员以后，吾曾一度向梅贻琦说：倘有短期出国研究物理学或科学史的机会，吾可以考虑。后来，美国某基金会（我记不清哪一个了）来信，说已给我一个研究科学史的学侣补助金（fellowship
stipend），研究地点在麻省理工大学或哈佛大学。吾收到这封信时，人民解放军已接近北京效区。吾愿意留在清华，等候解放。我没有答复基金会来信，也没有去领款。”当叶决定放弃这个机会时，梅贻琦想拉叶离开北平，并有了与叶企孙共同到福建省利用海外保存的清华基金，重新建立清华大学基地的打算，但叶经过一番摇摆、观望，最后“自信作孽无多，共产党也需要教书匠”，便决定既不出国也不南飞，坚持留下来迎接对他来说并不了解的新政权。
梅贻琦出走后，清华事务暂由以文学院院长冯友兰为主席的校务委员会维持。1949年1月10日，中共北平军事委员会文化接管委员会主任钱俊瑞偕同教育委员会张宗麟等人到清华园正式接收，并由校务委员会主席冯友兰在大礼堂召集师生，声明“清华从今日起正式成为人民政府的大学（全体鼓掌一分钟），并且是人民解放军第一个解放的大学”。1月30日，即宣告北平和平解放的前一日，中共所属解放军二千余人以参观的名义开赴清华园，实际是一个占领仪式。解放军官兵与清华学生进城工作队会集于体育馆广场，一起唱歌、呼口号，从自家居室携妻带子跑出来瞧稀奇的清华教授们，第一次听到“中国共产党万岁！”“毛主席万岁！”等口号。这几句不同凡响的口号，在清华教授心中形成了很大冲击，多数人不得不认为，天确实变了，人如何变，恐怕要看天行事了。
1月31日，中共代表钱俊瑞受命赴清华园大礼堂演讲新民主主义及共产党政策，有二千余名师生听讲。就在钱俊瑞在清华讲演的同时，清华教授会也因政府欠薪问题紧急召开会议讨论。原解放军北平军委会文化接管会答应在1月底前为清华教职工发薪一次，但月底来临，众人没有见到一个铜子。于是，参会的众多教授认为是以冯友兰为首的校务委员会不够努力造成的，让冯速到中共当局催款。冯在原地转着圈，以各种理由哼哼唧唧地向诸方辩解开脱，仍得不到众人谅解，一气之下说：“我在这里办学，并不是去讨饭。”
生物系一个叫吴征镒的“先进教员”立即站起来指责道：“这是个思想问题。”据冯友兰许多年之后反思说：“我当时心里想，我搞了几十年哲学，还不知道什么思想？后来才知道，解放以后所谓的思想，和以前所谓的思想并不完全一样。”冯支吾不能言，且在会场多次失态。据浦江清当天的日记载：“清华各团体自解放后，盛行检讨之风，而检讨之习惯未养成，所以多意气和裂痕。冯公说了一旧话，说清华原有一句成语：‘教授是神仙，学生是老虎，办事人是狗！’校务会议在此刻无论怎样总是错的，希望不久新政府派校长来也！”
浦江清日记透露了两个事实：一是此时的冯友兰已不被众教授，特别是新派教员们所接受和放在眼里；另一个则是检讨之风兴起之迅猛，令老牌教授们感到措手不及，而随着政治局势的变易，这股新风很快掀起滔天巨浪，将涉世未深的书生们淹没于茫茫大海之中。未久，主持清华校务的冯友兰被踹到了一边，另以吴晗为军代表，接管全盘事务。
对于自己马失前蹄，丢掉了清华“一把手”的纸糊官帽，冯友兰认为有两个原因：一是自己在政治上不能与时俱进，甚至糊涂透顶；二是与吴晗在背后捣鬼下绊子有关。对此，冯氏列举两例：一是在国民党军撤退，中共军管会尚未进入清华园接管的“真空时期”，有一天，国民党军飞机突临清华园上空扔炸弹，其中一颗爆炸声响之大，把坐在家中沙发上的冯友兰给摔了出来。冯于惊恐中急忙爬起来从窗户向外观看，只见有些教职工家属披着被子，尖叫着在路上狂奔乱窜，场面十分恐怖混乱。冯友兰出门察看，方知刚才的炸弹落在了工字厅后面滑冰场旁边的树林里，有两棵树被炸飞，遗留一个很大的弹坑。当时有许多大人小孩在滑冰场溜冰，倘若炸弹落入滑冰场，后果将不堪设想。冯友兰怀着惊悸不安之心找了几个人一起调查，发现清华园一共落了十二枚炸弹，其他的十一枚都落在园内边角的空地上，只有滑冰场旁边的一枚离人群较近，但没有一人受伤，也没有什么财物受损失。第二天国民党报纸有消息说，南京的空军在西郊轰炸解放军炮兵阵地，使解放军受到不少损失云云。既然在西郊轰炸解放军炮兵，为何又到清华园投弹？冯友兰与教授们如堕雾中。据几个号称“卧龙”、“凤雏”的教授分析，国民党军此次行动显然有备而来，并有详细的轰炸计划，其目的可能有二：一是防止清华园进驻解放军，如果有解放军暗中进驻，这种打草惊蛇之法将追其退出，否则清华师生出于自身安全考虑会群起攻之，主动将其驱逐出园；二是对清华师生以震慑，表明国民党军尚有作战的实力，鹿死谁手殊难预料，你们不要太轻薄了，心中没有个死数，像一堆腹中空空根底浅、悬空飘荡的墙头之草，东风来了向东倒，西风来了向西歪，平时满口的仁义道德、礼义廉耻，外加一堆春秋大义、民族气节等。一旦强势压境，这些大义和气节全部打发到他老娘家去了，或者直接送给了西天老佛爷。剩下的只有茫然四顾，或山呼万岁，或磕头作揖，耷拉着睡眼惺忪的眼皮迷迷糊糊地转着圈寻找新的主子罢了。
作为清华校务委员会主席的冯友兰，自然顾不得这些猜测和议论，赶紧做一些安抚性的宣传和疏散工作。就在这时，毛泽东主席给清华发来了慰问电以示关心和安抚。这封发于一个伟大历史转折时期的电报，同历史上任何一次鼎革时期一样，都是一件特别值得重视的大事、要事与非凡之事。可惜号称研究了大半辈子哲学，又每以“帝王师”自居、且自负的冯友兰，并没有把统率百万雄师的毛泽东放在眼里，竟不识抬举地仍然按旧观点、旧规矩，当做原北大一个小小的图书馆管理员寄来的信函予以处理，这无疑是对毛泽东与所代表党派的一种羞辱。冯氏不懂政治、不识时务和人情世故的做法，正如他自己后来痛心疾首的忏悔：“在清华遭到国民党空袭以后，党中央、毛主席打来慰问的电报，这是对清华的关心，应该大张旗鼓地宣传，可是我是照旧办法，把来电在学校布告栏内一公布，就算完事。”此事在当时的冯友兰看来无足称道，但在即将推翻国民党政权，准备来一个鱿鱼大翻身的一方看来则是大逆不道。因大局尚未明了，中共一方暂时忍而不发。未久，吴晗事件发生。
北平和平解放后，冯友兰主持的校务会议，作出了愿留清华者需要签名登记的决定。此时吴晗正作为中共一方的“托命之人”，豪气冲天地从中共解放区河北一带回到北平，并作为接收大员随解放军浩浩荡荡地开进北平接收人、财、物。有一天，吴晗突发奇想，采取打枪的不要，悄悄地进园的方式，独自溜进清华，向会计科领工资。吴氏搞这一手，可能不愿意在旧同事面前声张，给人一种小人得势，或唯利是图的印象，更怕别的教授当面或背后指斥自己作为中共麾下的一名先进分子、中共接受大员，何必计较这份少得可怜的薪水？况且，自己置清华师生与所授课程而不顾，偷偷溜掉已有几个月了，既没上课又没有为嗷嗷待哺的教职员工和穷得像叫花子一样的学生，拉回一个卢布的赞助费，可谓寸功未立，反而给校务委员会添了不少麻烦，如今领的是哪门子薪水？依据何在？若熟人问及，情何以堪？
吴晗的担心很快成为事实，因校委会出台的规定，同样牛气烘烘，自认为校长是老大、自己是老二，甚至与老大平起平坐的清华会计科科长，一查登记簿，没有吴晗的大名，于是断然决定不发给工资。吴晗解释说自己原是清华的教授，几个月前才窜出清华溜到了解放区，为革命抛头颅，洒热血，很不容易，没有功劳也有苦劳，没有苦劳也有疲劳，清华应该发给自己离校期间的工资作为苦劳或者疲劳的报酬和奖赏云云。但会计科长坚持让吴去找主持清华校务的冯友兰，只要冯签字认可，会计科就照办，否则，说你曾受到列宁、斯大林接见，于苏联莫斯科红场那旮旯溜回来也没用。吴晗对冯友兰自是露出不屑一顾的态度，表示坚决不理那块洋咸菜。如此这般，双方你来我往地较起劲儿来。任凭吴晗如何摇头晃脑地来回比画，唾液飞溅地加以解释，那位牛气冲天的会计科长心中只有冯友兰而没有吴晗，其态度咬钢嚼铁般生硬，毫无通融的余地。争得急了，会计科长嘴里大声叫嚷道：“原来是什么，不见得现在是什么，原来蒋介石还是总统，现在不是下野了吗？原来汪精卫是国民党领袖，现在不成为汉奸了吗？”吴晗闻听，知道这位会计科长压根就没有把自己这位即将登上政治舞台的红色人物放在眼里，盛怒中脸涨成紫黑色，嘴里嘟囔着别人听不清楚的狠话，扬长而去。
很快，吴晗在中共接收委员会上就清华的登记问题作了慷慨激昂的发言，大意是：“清华规定，凡是从解放区回来的都得登记。我不了解‘登记’这个名词的新的含义，大概新的含义是对于有问题的人才称为‘登记’。”吴晗的发言引起了中共接收大员的高度重视，认为清华校方主持者对到解放区的革命师生不怀好意，甚至产生敌意，遂拿出对付敌人的办法对付这些先进的革命者，这成何体统？于是，中共文管会派出大员到清华追查责任，作为校委会主席的冯友兰自是首当其冲，成为追查和斥责的对象。向来口吃的冯友兰依旧是支支吾吾说不清楚，弄了个灰头土脸，最后懵懵懂懂地挨了一顿警告和拐弯抹角的敲打。
未久，随着解放军入主北平并稳住阵脚，中共文管会负责人钱俊瑞到清华宣布：派吴晗为军代表，主持清华校务。
待南京被解放军占领之后，清华大学校务委员会奉命改组，由叶企孙出任主任委员，吴晗为副主任委员兼文学院长兼历史系主任。冯友兰被一脚踢出领导者圈外，免去本兼各职，专任哲学系教授，一下便垮了下来。待冯氏东山再起，并紧跟高举，挤入“四皓”之列，成为江青卵翼下名震海内的“梁效”一员，则是十七年之后的事了。那时的吴晗不斗自垮，最后被弄上了绞刑架。这个结局，算是为冯友兰出了一口埋藏在心中发酵得太久且有些酸臭的恶气。
1949年11月，时任清华大学军管会副代表、文学院院长兼历史系主任吴晗受中共高层之命到苏联访问。回国途中，听到无线电台广播自己当选为北京市副市长的消息。吴在丁零当啷的火车上没事偷着乐的同时，按照官场老规矩，立即给周恩来总理发了一封电报表示婉拒，谓自己想“继续从事史学研究和教育工作”云云。周恩来接电，也按照老规矩，以“劝进”的方式出面与吴谈话。吴晗经过三天三
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