巫宁坤到校不久，赵萝蕤即安排其教授“英国文学史”和“高级英文作文”的四年级课程，并鼓励试用马列主义观点讲授英国文学史。不料几个月后“知识分子改造运动”从天而降，北京市委工作组进入校园，要求“人人过关”，并且发动全校批斗赵紫宸、陆志韦，以及哲学系主任张东荪，要求人人与他们“划清界限”。作为赵紫宸女儿和陆志韦干女儿的赵萝蕤自是不能幸免，成为讨伐批斗的对象，又因为巫宁坤是赵从美国引荐而来，巫氏也就很难“过关”。其结果是所教的课程下马，继之在1952年全国院系调整中因燕大与北大部分科系合并而被扫地出门，“发配”到了南开大学。对于这段经历，巫宁坤在回忆中说：“7月，萝蕤来访，向我传达本系教师分配情况。五名教授中，她本人和其余三位教授都去北大（南按：三人指俞大絪、胡稼贻、吴兴华），唯有我的去处是天津南开大学。话一出口，她就忍不住放声哭了起来。我明白她的心情。当初是她让我放弃未完成的博士论文，万里来归，而现在却只能让我任人摆布，无可奈何，吉凶莫测，她怎能不感到由衷的负疚？当初，她满怀信心，要壮大燕京的英语教授阵营，以芝大英语系为蓝本建立一个优异的英语专业。如今她以稀有的才华构建的象牙之塔在狂风暴雨中化为灰烬，美好的梦想成为镜花水月，她怎能不伤心欲绝？”尽管赵萝蕤伤心欲绝，无奈大厦已倾，除了“相顾无言，唯有泪千行”，夫复何言？
巫宁坤被当政者踢出燕大校园，于1952年11月秋风萧瑟中，携带老继母和简单的行李由前门火车站乘车驶往天津，进入南开大学外语系任教。正是这段因缘，当巫宁坤得知当年的同学好友穆旦夫妇归国的消息后，在校方缺乏师资急需用人的情况下，经巫氏牵线、校方与教育部批准，穆旦夫妇于1953年5月双双跨入南开大学的校门，穆旦出任外文系副教授，周与良为生物系副教授。这对年轻的夫妇算是所学有成，叶落归根了。穆旦夫妇任教南开之后，分配的宿舍与巫宁坤相邻，经常相互串门聊天，从清华到燕京，从西南联大到芝加哥大学，从提前归国的陈梦家、赵萝蕤，到迟迟观望尚未决定动身的杨振宁、李政道等，另有南开大学的过去与未来……有的是回忆，有的是话题，有的是憧憬与梦想。归国时的孤独与寂寞消失殆尽，有的是在新的天地里奋起的身影和理想。在这期间，因先前得到巴金夫妇的鼓励和新形势的需要，穆旦在授课之余，加紧从事翻译外国名著。继1953年12月译完季摩菲耶夫的《文学原理》之前两部分《文学概论》、《怎样分析文学作品》，并由巴金主持的上海平明出版社出版之后，1954年2月，穆旦又翻译并在平明出版社出版了苏联季摩莫菲耶夫的《文学发展过程》。之所以在如此短的时间内就完成了上述工作，是因为穆旦早在芝加哥大学时，就已经通读了俄文原版并断断续续地做了一些翻译笔记。上述三种文学理论著作的出版，立即引起了国内文学理论家的注意和好评，被许多高校作为文学概论课教材选用并受到师生的喜爱。
当然，作为诗人的穆旦，最为倾心和喜爱的自然是诗歌创作与翻译。自1954年3月到年底短短的9个月时间内，穆旦翻译并由平明出版社出版了普希金的《波尔塔瓦》、《青铜骑士》、《高加索的俘虏》、《欧根奥涅金》、《普希金抒情诗集》等系列作品，其翻译和出版速度之快、质量之高、读者群之广大令人惊叹，一个“普希金热潮”旋即在社会上掀起，穆旦的声名除了在象牙塔的学术界小圈子引起瞩目，在更大范围的读者群体、特别是青年学生中间引起了广泛的关注和追捧。这一情景，几年后在穆旦写给诗友杜运燮的信中有所表露：“我也有时听到人们欣赏普希金诗的情况而为之鼓舞。总之是‘特别’爱好，不同于一般。工厂里三十多岁的工人师傅，在南大开门办学去时，问老师们认识不认识这译者（并不知我在南大），他想见见。一个译者能有此幸会，确实不易。就是这类偶然的小事使我增加了力量。”
因译诗受到工人师傅们喜爱而“增加了力量”，心中增添了学有所用的成就感，并且还想以此业绩，“想证明，给没回来的人看，回来了是多么好”的穆旦没有想到，属于他的人生春天马上就要过去，即将到来的是酷暑与寒冬。许多年后，周与良回忆说：“那时是良铮译诗的黄金时代。当时他年富力强，精力过人，早起晚睡，白天上课，参加各种会议，晚上和所有业余时间都用于埋头译诗。”然而，很不幸的是，“业务拔尖”、“书出得多”、“课教得好”、“受学生欢迎”等，却无意中引来某些人的“不能相容”。这种出于嫉妒而不能相容的心态，很快便借助于政治的威力爆发出来。随着1954年年底南开大学著名的“外文系事件”，穆旦的厄运就此到来。
在发生这个著名的事件之前，南开大学像全国所有的大学一样，随着一个波次接连一个波次的政治运动，进行无休止的“思想改造”、清除“胡适思想”、“俞平伯《红楼梦》研究错误思想”等批判。为在全国做出表率，南开大学领导又别出心裁地设置了一个“马列主义夜大学”，勒令全校教授必须夜间到这所特殊大学听报告，接受“洗脑”性质的思想改造。一位被南开派到中国人民大学学习的年轻男教师返回南开后，作为“教授的教授”向包括巫宁坤、穆旦在内的全校各系教授，朗读他在人大“深造”时苏联专家讲授的马列主义笔记。校方规定，凡听课的教授人人必须做笔记，期终还要考试。一时间，弄得教授们十分疲惫又感到无聊至极，有的教授在听课中不停地抽烟，有的干脆以打瞌睡的方式进行抵制。如此连续不断的十几个夜晚下来，听课的教授开始表达不满情绪，年轻气盛的巫宁坤在夜校散罢之后回家的路上对年长的同事们叽咕道：“这简直是对教授先生们智慧的侮辱！”想不到第二天就被人打了小报告，校方领导派人找到巫宁坤，指责其“思想落后”，并严厉警告只许老老实实听课，不许乱说乱动，否则按反对马列主义分子处理。
因了这一系列的政治改造、批判外加学习运动，人与人的温情越来越淡薄，同事与师生之间的关系越来越冷漠，直至发展到相互猜忌，战战兢兢如履薄冰，甚至水火不容，非把对方置于死地而后快的残忍、恐怖局面。面对这一恶劣的政治、生活环境，穆旦感到极为不适和沉闷，在致萧珊的信中，他直白地道出了心中的愤慨、厌恶和无奈的心境：“这是一个沉闷的时期。我上封信里的话想你也看到了，朋友们都这么彼此多疑。杜运燮不但觉得得罪了我，也觉得得罪了巫宁坤，等我把这话和宁坤一提，他说哪来的这回事。……我这几天气闷是由于同学乱提意见，开会又要检讨个人主义，一礼拜要开三四个下午的会。每到学期之末，反倒是特别难受的时候。过得很没有意思，心在想：人生如此，快快结束算了。”
正所谓人生不易，死亦难。延至年底，“外文系事件”终于是在长期郁闷压抑中爆发了。
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