林徽因去世一年零十一个月的1957年2月27日，毛泽东在最高国务会议第十一次扩大会议上发表了《关于正确处理人民内部予盾的问题》的重要讲话。全面分析了社会主义社会的予盾，提出在共产党和民主党派的关系上实行“长期共存，互相监督”，在科学文化工作中实行“百花齐放，百家争鸣”的“双百”方针。伟人的一声号召，使两个月后的“大鸣大放”达到了高潮。
4月27日，中共中央发出《关于整风运动的指示》决定在全党进行一次以正确处理人民内部矛盾为主题，以反对官僚主义、宗派主义和主观主义为内容的整风运动。此后，全党整风运动逐步展开。与此同时，“极少数资产阶级右派分子乘机鼓吹所谓‘大鸣大放’，对共产党的领导和社会主义制度进行攻击”。
5月15日，毛泽东的《事情正在起变化》一文内部下达，自此拉开了中国现代史上著名的“反右”序幕。头悬利剑，许多人已进入张开的网中，只是这个时候大多数入网者还蒙在鼓里浑然不觉，仍在继续着鸣放的迷梦。为此，毛泽东对党内干部指出：“在民主党派中和高等学校中，右派表现得最坚决最猖狂。我们还要让他们猖狂一个时期，让他们走到顶点”之后再加以收拾。“或者说：诱敌深入，聚而歼之……右派有两条出路。一条，夹紧尾巴，改邪归正。一条，继续胡闹，自取灭亡。”
6月8日，中共中央发出《关于组织力量准备反击右派分子进攻的指示》。指出：“这是一场大战（战场既在党内，又在党外），不打胜这一仗，社会主义是建不成的，并有出‘匈牙利事件’的某些危险。”同日，《人民日报》发表题为《这是为什么？》社论。此后，全国性大规模“反右”风暴开始，给历史留下最悲怆的影响是一网打尽数十万知识界精英，开创了现代中国政治运动翻手为云，覆手为雨的先例。“在以后一连串政治斗争及一系列政治人物的升降浮沉中，人们都可以看到‘反右斗争’毫无游戏规则的政治变幻。这是一段思之依然令后人不寒而栗的历史。”
在这段历史中，首当其冲的是“章罗联盟”的定性，随之而来的是名动朝野的“六教授事件”出笼。据童第周回忆说：“1957年反右派斗争时，有一个‘章罗联盟’。过去高教部和科学院有矛盾，我到北京后，这个矛盾已经尖锐化。中国科学院成立后，很多人想到科学院来工作。高教系统提出取消科学院，科学院应分散到各个大学去。当时民盟提出：成立一个科学体制委员会，民盟科学体制委员会有我、钱伟长等人。沈钧儒召开过一次会议，在会上我发言的中心思想是科学院不能取消。我的发言当时已刊登在《争鸣》杂志上。”又说：“后来毛主席召开了一个高教部（杨秀峰等人）和科学院（张劲夫、郭沫若、吴有训、严济慈、我、范长江、于光远、胡乔木等）的联席会议。在毛主席办公室召开的，大家都发表了意见。我当时的意见是两者都要存在，要互相合作。每人发言后，毛主席说：‘我给你们划条三八线，都要存在，不要再拉绳了。’”
童第周与夫人叶毓芬当年离开李庄后，流亡到重庆的复旦大学，抗战胜利复员时又来到了他早年任教的山东大学，先后出任动物系教授、系主任、副校长等职，1948年被选为中央研究院院士，也是山东大学、复旦大学、同济大学等三所高校走出来的唯一一位院士。1956年，童第周调任中国科学院任生物学部副主任，同时兼任民盟中央常委等职。他所说的在毛主席办公室开会，就是以中国科学院要员身份参加的。会议之后，按童第周的说法：“由于我清楚这个情况，所以没有去参加民盟的‘体制问题’会议。有一次进城开会回来，路过民盟中央，进去一看，华罗庚、曾昭抡、千家驹等正在讨论‘体制问题’，并订了几条。我去了大约一小时，没有参加讨论就走了。后来这几条成为所谓的‘反动科学纲领’登在《光明日报》上，下面却登了我们5人的名字。叶毓芬要我赶紧声明，当时我已去青岛，后来华罗庚打电话给我要发表声明，我们就联合发表了声明。”
童第周所说的“体制问题”，是经过民盟中央决定，由时任高教部副部长、民盟中央常委曾昭抡与民盟负责人之一黄药眠，分别负责召集两个小组草拟的《对于有关我国科学体制问题的几点意见》和《我们对于高等学校领导制度的建议（草案初稿）》两份文件。文件就保护科学、科学院与高等学校以及与业务部门研究机关之间的分工协作等问题，提出了建设性意见。令他们万没想到的是，《意见》在1957年6月9日《光明日报》一发表，来势凶猛的“反右”斗争便狂袭而来，这两份文件被视为“章罗联盟”路线与“反党反社会主义的科学纲领”的“铁证”。参与制定文件的主要人员曾昭抡、黄药眠、费孝通、陶大镛、钱伟长、吴景超等六位教授，立即被打成右派分子，或撤职查办，或充军发配，或送往边疆农场劳动改造，一时间，社会各界如春天里点燃的野火，掀起了大规模围剿、批判“六反动教授”的烈焰。因童第周、华罗庚此前已嗅出导火索正在暗中燃烧的不祥气味，引起警觉并在高人指点下适时发表了声明，命运开始有好转。
6月26日，《人民日报》发表了华罗庚、千家驹、童第周在全国人民代表大会上的联合发言，认为《意见》中关于重视资产阶级的社会科学，强调人民内部在培养机会上应一视同仁，保护科学家等意见，都不符合事实。7月14日，《人民日报》登出了华罗庚《我愿以这件事作为教训》的检讨书，对不赞成“外行领导内行”的观点作了自我批评，表示：“党能够领导科学，能够领导教育，能够领导知识分子。”因了这一连串不断弯腰点头作揖的检讨，加之周恩来及时出面援手保护和周旋，童第周、华罗庚二人侥幸成为漏网之鱼，暂时没有被缉拿归案，而其他“六教授”则被一网打尽。
1957年7月中旬，中国科学院哲学社会科学部在北京饭店举行声势浩大的批判曾昭抡等六教授“反党反社会主义科学纲领”大会。出席会议的有一百多名专家学者。会议连开五天，中科院主要领导和大小喽啰们纷纷发言，对曾昭抡等右派分子进行“愤怒声讨”。会议认为“民盟中央科学规划临时小组的‘几点意见’，实际上就是一个在科学工作方面的反社会主义的资产阶级纲领”，是“右派分子企图夺取国家领导权，首先是文教工作的领导权的阴谋的一部分。”就在众人于统一步调的大呼小叫中，突然，从羊群里蹦出一匹老马，冲全场发出了与众不同的嘶鸣——这匹半道杀出的老马便是大名鼎鼎的陶孟和。
在国民党行将崩溃、全面撤出大陆的前夜，由于陶孟和与国民党不同的另类思想和对共产党的同情，使他坚决地率领本部人马离开中央研究院大本营，转战四方，最后下得水泊梁山大寨，重投新主。
1949年4月23日，陶孟和以极为亢奋的心情出席解放军占领南京的仪式。第二天，中国人民解放军第三野战军司令员陈毅身着灰布军服，带一位警卫员，来到中央研究院社会研究所办公楼看望陶孟和，由于陶事先不知道陈氏到来，当然也不认识陈某人，乃像往常一样身着长袍至会客室相见，待互道姓名以后，方知对方身份。据陈毅说，他早年在北平中法大学读书时，曾读过陶孟和发表的一些文章，受到启发，并留有印象云云。到底读过什么文章，则没有说出。在解放军渡江前夕，陶孟和与几位同道者在报纸上发表了一系列如国宝不能南迁台湾等文章，已被这位陈司令员所闻并表示赞赏——这或许正是陶孟和所要达到的效果。此次会谈，陶孟和与傅斯年等人大不同的另类思想，以及甘为共产党效力的表态，令掌控生杀予夺大权的陈毅司令员非常满意。
同年5月17日，中国人民解放军南京军管会文教会派赵卓到南京北极阁中央研究院总办事处，召集员工联谊会理事会，陶孟和积极出面支持军管会的要求。在中央研究院各所被新成立的中国科学院接管之前的一段空隙里，根据南京军管会安排，曾成立中央研究院院务委员会，维持南京各所的日常工作，共选出14位委员，陶孟和为主任委员。9月，中国人民政治协商会议第一届会议在北京召开，陶孟和以“特别邀请人士”身份出席会议，被选为政协全国委员会常务委员。
1949年10月19日，成立未久的中央人民政府委员会第三次会议，组成了以郭沫若为院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为副院长的中国科学院。陶氏能挤进新生的中国科学院并出任高官，据说是陈毅出面向中共中央力荐的结果。陶孟和当年的心思总算没有白费，在改朝换代的历史形势下，其政治理想如愿以偿。11月1日，中国科学院在北京正式办公，后来即以此日为中国科学院成立日。院址最初借用东四马大人胡同10号，11月23日迁入王府大街9号；1950年6月23日迁至文津街3号；1966年迁往西郊友谊宾馆北馆；1970年7月，迁往三里河路52号。建院之初，科学院下设办公厅和研究计划局、国际合作局（联络局）、出版编译局等三个局，陶以副院长的身份兼任出版编译局局长。
有些巧合的是，中国科学院院于1950年迁入的文津街3号，正是30年代原社会调查所与静生生物调查所旧址。已成为中科院副院长的陶孟和，办公室就在他原任社会调查所所长的那间屋内。想不到在风风雨雨，硝烟炮火中绕了大半个中国，人到白头又回到了事业起点的位置。旧地新任，百感交集，陶孟和自是嗟叹不已。尽管他不再像当年那样年轻和朝气蓬勃，不再为自立山头还是归附水泊梁山聚义厅之问题与中基会总干事任鸿隽不惜一战，但面对旧屋中的那把显然有所增高的坐椅，内心深处对新政权的恩情还是由衷地感激，并力图在科研事业上有所贡献。正是怀揣着这样一个伟大梦想，在新中国刚刚成立之时，他与同时被任命为副院长的竺可桢从北京返回南京、上海等地，以各自在学术界的声望和影响，同时以新任党国大员的威力，动员收拢已散落于各派系山头和流落于江湖中的旧部与科学界好友留在大陆，以为新中国效力。只是出乎陶孟和预料的是，当他坐在副院长的高大椅子上环顾四周，突然发现面临的处境并不容乐观，且越来越陷入有苦难言的尴尬境地。就当时的情形论，作为中国科学院副院长这一职位，与他此前的学术声望，以及后来为中国共产党夺取政权所费的心力是相称的。但此一时，彼一时，既然新政权已经建立并渐趋牢固，陶的学术价值与当年所作的敲边鼓性质的一点事业，已经不值一哂了。据当年与陶共过事的中科院人士回忆：陶孟和是文科，解放后不兴文科，他在科学院没多少实际的工作（管出版、图书），开会也可以不叫他来。
然而，令陶孟和不快和对他的致命打击还在后头。当他坐上中国科学院副院长交椅的时候，其一手经营的社会科学研究所尚在被视为蒋介石老巢的南京，工作、生活方面诸多不便，经批准于1952年底迁往北京。这个时候，社会学已经被新政权和新生的“天才”们当做伪科学遭到了否定，该所到北京后即被改为学术性质和研究方向大不相同的经济研究所，整个社会学专业被无情地取缔。正如陶的部下巫宝三所说，“到1952年底，可以说社会调查所和社会研究所完成了它的历史使命”。这个由陶孟和顶着各方面压力一手创建、中途经过改编和重组，历尽风雨坎坷始终由陶氏掌舵达26年之久，且最初是以研究人民生活问题为指导方针的社会调查所，就这样如一缕轻烟无声无息地消失了。一个在社会学界颇负盛名的重量级学者，最后落到学术成果无人理会，甚至连自己的专业都保不住的悲怆境地，其内心的痛苦与精神上的打击可想而知。更令陶孟和为之扼腕的是，抗战期间他与他的同事辗转几万里，含辛茹苦，耗时八年，
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