既然胡适不能返国，中央研究院院长入选就只有在翁文灏与朱家骅之间选择了。但蒋介石对翁、朱二人皆不满意，故左右摇摆，举棋不定，直到蔡元培死后半年有余的9月18日，才最后下定决心弃翁而圈朱，不过在圈定之后又加了个“代”字，以示平衡各派势力，朱家骅遂以中央研究院代理院长的名分被公示天下。
朱家骅本是合法的三位院长候补人之一，结果阴阳差错地以暂代之名充当天下儒林共主，心中颇为不快，又无力改变这一尴尬局面。经过他一番明查暗访，认为导致这一局面出现的原因，与王世杰背后捣鬼大有关系。王不想让胡适此时离任回国，但又觉得胡适因此失去中研院院长牺牲太大，既然自己得不到，也不能让朱氏轻易占了便宜，于是欲留院长之位以待胡适，并以此说动蒋介石，抛弃最具竞争力的翁文灏，让资历较浅的朱家骅暂代。蒋介石心想，既然翁氏被抛弃，单举朱氏来做院长也有些不便，于是顺水推舟，在朱家骅的院长前轻轻加了个“代”字以示平衡，可见蒋介石此举之煞费苦心。
事已至此，朱家骅回天乏术，只好屈就。但随着时间的推移和时局的演变，王世杰的设想也成为泡影，当胡适从朱家骅手中接掌中央研究院院长的时候，已是18年之后台湾孤岛上的事了。
朱家骅以险胜暂时坐上了中央研究院第一把交椅，久悬在傅斯年、陈寅恪等人心中的一块石头砰然落地。尽管傅斯年在选举院长问题上明显偏重于胡，但对朱家骅也没有暗中下绊儿或在背后鼓噪捣乱，总体上亦属拥护之类，鉴于傅在中央研究院非同寻常的号召力和办事才干，朱家骅上任之始便弃任鸿隽而请傅斯年出任总干事一职，是谓一朝天子一朝臣也。可怜的任鸿隽不但竞选院长未果，连总干事的帽子也丢掉了，只好仰天长叹，莫之奈何。傅斯年此时正身患高血压，并深受其累，不想戴这顶“闲曹”手下总干事的帽子，但因朱家骅真诚相邀，感念当年朱在中山大学时对自己有知遇之恩，遂“为了院，为了朋友，欣然地答应下来。”不过傅斯年还是有言在先，认为自己既然已担任了史语所所长，不能再兼职，只是以暂时代理的身份出任总干事一职。在正式上任之前，傅斯年要先回昆明处理史语所的事务，然后回重庆就任。而这个时候，国际国内局势又进一步恶化了。
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